Cuando salió Ubuntu 11.10 y empecé a probar Gnome-Shell me encontré con un bug que impedía grabar con RecordMyDesktop, ya que al grabar desaparecían la barra superior, hoy me cansé de esperar y buscando de repente encontré la solución.
Para que nos permita grabar debemos dar en opciones avanzadas y debemos deshabilitar las siguientes opciones de «Miscelánea»:
Contorno en el área de capturar pantalla [ ] #dishabilitado
Inicializar el área de captura [ ]
#dishabilitado
Con eso ya podríamos grabar sin ningún problema.